Den 19. januar 2004 etablerede Roskilde Boldklub af 1906 og to andre klubber et selskab med navnet FC Roskilde A/S, hvis formål det er, at være det formelle udgangspunkt for en overbygning de tre klubber imellem. Overbygningen, der omhandler et divisionshold samt seks ungdomshold – U19, U17, U17 Future, U15, U14 og et U13 hold, har som målsætning at placere FC Roskilde blandt landets bedste fodboldklubber på såvel senior- som ungdomsplan. Primært gennem udvikling af egne talenter og gerne i en kombination mellem sportsudøvelse og uddannelse. Det er således et mål, at der skal etableres et fodboldakademi, hvor fodbold og undervisning skal kunne ses i et samlet hele. Midlerne til at opfylde denne målsætning er, udover et tæt tilhørsforhold til moderklubben, bl.a. at involvere erhvervslivet i Roskilde som sponsorer og samarbejdspartner, således at der kan skabes et optimalt sportsligt udviklingsmiljø for byens ungdom. Hertil kommer et tæt samarbejde med Roskilde kommune, som har støttet klubben økonomisk igennem en årrække i form af en elitesportsaftale, ligesom kommunen gennem sit ejerskab til Roskilde Idrætspark har været garant for optimale spilleforhold senest i form af etableringen af to kunstgræsbaner på vest siden af tribunen. Det skal her nævnes, at det var en større donation fra Roskilde Festival, der muliggjorde dette projekt. FC Roskilde ledes af en bestyrelse, som er sammensat af en klubrepræsentant for moderklubben og derudover af personer, der primært har deres baggrund i det private erhvervsliv. På det administrative plan er der pt. ansat en direktør, en sponsorkonsulent, en administrativ medarbejder og en kommunikationsansvarlig. Hertil kommer en hel række af frivillige, uden hvis indsats, det vil være helt umuligt at drive en fodboldklub med FC Roskildes ambitioner.