Awalnya ISEFID merupakan forum mahasiswa KENMS IIU Malaysia yang ingin memberikan kontribusi terhadap pengembangan sistem ekonomi, keuangan dan perbankan syariah di Indonesia. Forum ini diinisiasi pada tahun 2002 dengan melakukan seri-seri diskusi regular, yang sampai sekarang masih berlanjut. Secara personal anggota ISEFID tersebar sebagai pegawai aktif di lembaga-lembaga vital seperti Bank Indonesia, Otoritas Jasa Keuangan (OJK), Lembaga Penjamin Simpanan (LPS), Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS), Dewan Syariah Nasional (fatwa authority) – Majelis Ulama Indonesia (DSN-MUI), Universitas atau Perguruan Tinggi terkemuka Indonesia dan lembaga strategis lainnya. Secara formal, ISEFID bernaung dalam Yayasan yang diresmikan pada tanggal 08 Desember 2014. Dengan badan hukum yang resmi tersebut, kegiatan ISEFID semakin fokus, baik secara kelembagaan maupun dalam perumusan program-program yang terencana, terukur dan sistematis. Sasaran utama ISEFID adalah mengembangkan aplikasi ekonomi Islam khususnya dalam industri keuangan dan bisnis syariah Indonesia yang dinamis dan berdaya saing global.