La razón de ser del IIIEPE es contribuir a la mejora de la calidad educativa. Su labor consiste en impulsar programas, crear iniciativas pedagógicas, desarrollar proyectos de investigación, innovación y difusión de conocimientos especializados, para ser aplicados principalmente en la educación básica. Las actividades y proyectos del Instituto tienen un enfoque integral y multidisciplinario y son impulsados a través de tres programas académicos: Investigación e Innovación para la Mejora de la Calidad Educativa (PIIMCE), Desarrollo Tecnológico y Difusión de Información Especializada (PDT-DIE) y Formación de Profesionales de la Educación (ProForPE).