Criada em 1290 por el-rei D. Dinis, a Universidade de Coimbra é a mais antiga de Portugal e uma das mais antigas da Europa, contando desde a sua fundação com uma Faculdade de Medicina. No entanto, já existia desde o séc. XII - presume-se que remonte a 1131 - um ensino regular da Medicina em Portugal, no Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra, escola que viria a participar na fundação da própria Universidade. A Universidade foi por diversas vezes transferida entre Coimbra e Lisboa até 1537, data em que D. João III a fixou definitivamente em Coimbra.
A Faculdade de Medicina de Coimbra manteve-se como única escola médica de Portugal até 1825, altura em que foram criadas as Escolas Médico-Cirúrgicas de Lisboa e do Porto, transformadas em Faculdades de Medicina em 1911, aquando da criação das respectivas universidades.