A Fundação nasceu em 2009, fundada por Alexandre Soares dos Santos e família, para estudar os grandes problemas nacionais e levá-los ao conhecimento da sociedade civil. A criação da Fundação Francisco Manuel dos Santos visa dar resposta a uma lacuna óbvia na sociedade portuguesa: apesar da frequência com que no espaço público se discutem as mais variadas matérias, o debate em Portugal parece estar sempre mais apoiado em opiniões subjectivas e percepções individuais do que em dados sólidos e investigações cuidadosas. Assim, a Fundação publica livros e elabora estudos, sobre temas relevantes para a sociedade, como a educação, a economia, a justiça ou políticas públicas; organiza encontros e debates onde reúne e dá a voz a especialistas nacionais e internacionais; e cria, compila e difunde dados sobre Portugal e a Europa através de várias plataformas. O meio digital é utilizado como um instrumento chave na missão da Fundação de facultar o acesso à informação a todos os cidadãos. Todas as actividades e estudos estão disponíveis online, seja através de redes sociais, sites ou bases de dados como a Pordata. O objectivo último é contribuir para uma sociedade mais informada, reforçando os direitos cívicos dos cidadãos, a qualidade das instituições e o acerto das políticas públicas.