A DGAV tem por missão a definição, execução e avaliação das políticas de segurança alimentar, de proteção animal e de sanidade animal, proteção vegetal e fitossanidade, sendo investida nas funções de Autoridade Sanitária Veterinária e Fitossanitária Nacional , de Autoridade Nacional para os Medicamentos Veterinários e de Autoridade responsável pela gestão do Sistema de Segurança dos Alimentos.