A nivel nacional la CCJ ha promovido desarrollos normativos de importancia para los derechos humanos en el país. Así, por ejemplo, ha logrado incidir en la Constitución de 1991 (especialmente en el reconocimiento de la prevalencia de los tratados internacionales de derechos humanos, la definición de la carta de derechos y la restricción de los estados de excepción); en la ley estatutaria de los estados de excepción (1994); en la tipificación del delito de desaparición forzada en la legislación colombiana (ley 589 de 2000). Después de años de intenso debate, promovido especialmente por el Comité Internacional de la Cruz Roja y por la CCJ, se logró la aprobación en el Congreso, sin reservas, del protocolo II de los convenios de Ginebra de 1977, y su subsecuente firma (ley 171 de 1994). Igualmente se logró la aprobación de la ley que creó las Comisiones de Derechos Humanos del Senado y de la Cámara. En la comisión redactora de un nuevo código penal militar, convocada por decisión gubernamental en 1995 (integrada por ocho miembros del Ministerio de Defensa y ocho de sectores civiles, incluido el Director de la CCJ), se logró conformar un grupo civilista con una propuesta alternativa a la militar, que en lo fundamental fue aprobada como nuevo código (ley 522 de 1999). En el trámite legislativo de la ley de víctimas, se lograron incluir dentro del texto aprobado garantías especiales y medidas de protección para las mujeres, la presunción a favor de la víctima respecto a terceros de buena fe, y medidas de participación de las víctimas en el diseño, implementación y seguimiento de la norma.