يهدف المركز إلى تنفيذ ما يحقق السياسات المعتمدة لمكافحة الآفات والأمراض الحيوانية، وذلك من خلال اتخاذ الإجراءات الوقائية والعلاجية لضمان صحة النباتات والحيوانات واستدامتها، وتعزيز مشاركة القطاع الخاص، وتوحيد الجهود بين الجهات الحكومية والخاصة في هذا المجال.