Die Stadtverwaltung besteht aus fünf Direktionen und verschiedenen Stabsstellen, die den Gemeinderat der Stadt Thun in seiner Tätigkeit unterstützen. In die Zuständigkeit der Direktion Präsidiales und Stadtentwicklung fallen u.a. die Stadtkanzlei, das Planungsamt, die Wirtschaftsförderung, die Abteilung Stadtmarketing und Kommunikation sowie das Finanzinspektorat. Die Direktion Sicherheit und Soziales ist zuständig für die Einwohnerdienste, die öffentliche Sicherheit und die Sozialdienste mit Sozialhilfe, Kindes- und Erwachsenenschutz und Asylkoordination und befindet sich im Thunerhof an der Hofstettenstrasse. Zur Direktion Bildung Sport Kultur gehören das Amt für Bildung und Sport mit den Fachstellen Bildung, Familie sowie Sport und die Kulturabteilung mit dem Kunstmuseum und der Stadtbibliothek. Die Direktion für Bau und Liegenschaften umfasst das Tiefbauamt und das Amt für Stadtliegenschaften. Zum Tiefbauamt gehören unter anderem die Abfallbewirtschaftung, die Strassenreinigung, die Parkbewirtschaftung, die Stadtgärtnerei sowie das Strasseninspektorat. Das Amt für Stadtliegenschaften verantwortet das umfassende Management sämtlicher Stadtliegenschaften und -grundstücke. Zur Direktion Finanzen Ressourcen Umwelt gehören die Finanzverwaltung, die Informatikdienste, die Fachstelle Umwelt, Energie und Mobilität, das Personalamt sowie das Bauinspektorat.