SUZ je organizační složka státu podřízená náměstkovi ministra vnitra pro veřejný pořádek a bezpečnost. Otázky azylu a migrace jsou plně v kompetenci tří složek Ministerstva vnitra: SUZ, Odboru azylové a migrační politiky (OAMP) a Policie České republiky (PČR). SUZ spolupracuje s vládními a mezinárodními institucemi, samosprávou, nevládními organizacemi. Některé její činnosti jsou od roku 2006 spolufinancovány z prostředků Evropského uprchlického fondu, zejména jsou to programy prevence, integrace, repatriací, vybavení středisek a některé služby klientům. Od roku 2009 SUZ čerpá prostředky také z Evropského návratového fondu a Evropského fondu pro integraci státních příslušníků třetích zemí.