FC Helsingør er en overbygningsklub og en del af kommunens elitesatsning fra 2002, hvor man i samarbejde med det lokale erhvervsliv stiftede Elite 3000 Fonden og Elite 3000 A/S, som skulle være med til at føre kommunens eliteidrætspolitik ud i livet. Fodbolden gik ind i samarbejdet i 2005 hvor Helsingør IF” leverede” sin licens til Elite 3000 fodbold. Målsætningen var, at alle kommunens fodboldklubber skulle indgå i samarbejdet som moderklubber til overbygning Elite 3000. I 2012 skiftede Elite 3000 fodbold navn til FC Helsingør. Overbygningen består i dag af et divisionshold samt fire ungdomshold U-19, U-17, U-15 og U-14. Fra starten var moderklubberne HIF, Vapnagaard, HFC, Snekkersten og Frem Hellebæk. På trods af mange forsøg i opstarten lykkedes det ikke at få alle kommunens klubber med i samarbejdet. Siden opstarten i 2005 har der været gjort mange tiltag til at samle alle kommunens klubber i overbygningen. I dag består overbygningen af Espergærde IF, Frem Hellebæk, Helsingør IF, Hornbæk IF, HFC, Vapnagaard og FC Helsingør. Med en oprykning til 2. division øst i 2010 og to topplaceringer i de efterfølgende år har FC Helsingør allerede bevist, at klubben har potentialet til at indfri de sportslige forventninger. FC Helsingør tog I 2015 yderligere et skridt mod toppen af Dansk fodbold, via oprykningen til 1. division. Herefter var målet den bedste række i dansk fodbold, Superligaen. Dette mål indfriede FC Helsingør allerede i 2017 efter et drama i forlænget spilletid, hvor Viborg til sidst blev besejret på reglen om udebanemål. Desværre blev det kun til en enkelt sæson i Superligaen, inden turen gik retur til 1. division, nu kaldet NordicBet Ligaen, hvor FC Helsingør stadig huserer i dag.