La Universidad de Córdoba se estructura en torno a tres áreas en las que desarrolla su actividad científica y docente. El área agroalimentaria, científica y técnica, el área de ciencias de la salud y el de humanidades y ciencias jurídicas y sociales, son los tres pilares sobre los que se estructura la formación académica de la Universidad de Córdoba.
La institución lidera además el Campus de Excelencia Internacional ceiA3, que integran además las Universidades de Huelva, Cádiz, Jaén y Almería.