A Embrapii atualmente conta com cerca de 80 colaboradores contratados. Aqui no Linkedin, o número de funcionários apresentado engloba parceiros e pesquisadores que já tiveram alguma experiência ou projeto desenvolvido em conjunto com a empresa. A Embrapii é uma organização social que atua em cooperação com instituições de pesquisa, públicas ou privadas, para atender ao setor empresarial, com o objetivo de fomentar a inovação na indústria. Para isso, conecta pesquisa e empresas, e divide riscos, ao aportar recursos não reembolsáveis em projetos que levem à introdução de novos produtos e processos no mercado. Para ter acesso ao modelo, a empresa deve apresentar seu desafio tecnológico à Unidade com a competência técnica que se enquadra às necessidades de seu projeto. A Embrapii possui contrato de gestão com o Governo Federal, por meio dos Ministérios da Ciência, Tecnologia e Inovação, da Educação, da Saúde e do Desenvolvimento, Indústria, Comércio e Serviços.