Skatturinn annast álagningu skatta, tolla og annarra gjalda auk þess að viðhafa eftirlit með réttmæti skattskila. Jafnframt starfrækir stofnunin sérstaka einingu sem fer með rannsóknir skattsvika og annarra skattalagabrota. Þá sinnir stofnunin innheimtu opinberra gjalda fyrir ríki og sveitarfélög í stjórnsýsluumdæmi Reykjavíkur og tryggir þannig ríkissjóði tekjur. Skatturinn gegnir einnig margþættu tollgæsluhlutverki á landamærum og veitir samfélaginu vernd gegn ólögmætum inn- og útflutningi vöru. Loks viðheldur stofnunin fjölda skráa sem skipta sköpum fyrir gagnsæi og samkeppnissjónarmið í viðskiptalífinu, s.s. fyrirtækjaskrá og ársreikningaskrá. Starfsmenn eru u.þ.b. 480 á 16 starfsstöðvum víðsvegar um landið.