Het Zuiderzeemuseum richt zich op de geschiedenis, de actualiteit en de toekomst van het voormalige Zuiderzeegebied. In het buitenmuseum staan authentieke panden uit dorpen uit dit gebied. Hier komt jong en oud in aanraking met de Zuiderzeecultuur. Zo kunnen bezoekers een touw slaan, op bezoek bij Urker inwoners of een vers gerookt visje proeven. In het binnenmuseum maken bezoekers kennis met kunst, cultuur en erfgoed van voor en na de afsluiting van de Zuiderzee. Ook is er een schepenhal vol historische boten. Kenmerkend voor het Zuiderzeemuseum is dat het de cultuurhistorische collectie verrassend verbindt met hedendaagse kunst, vormgeving en design.