La Universidad Amazónica de Pando, fue creada mediante Decreto Supremo N° 20511 del 21 de septiembre de 1984 y sancionada mediante Ley de la Nación N° 653 de 18 de Octubre de 1984.
El Estatuto Orgánico de la UAP fue aprobado en la VI Conferencia Nacional de Universidades en Octubre de 1997 y por el Congreso Nacional de Universidades el mes de mayo de 1999, ambos eventos realizados en la ciudad de Trinidad – Beni.
Las actividades académicas comenzaron oficialmente el 3 de diciembre de 1993, con dos Carreras:
a) Licenciatura en Biología
b) Licenciatura en Enfermería.
En agosto de 1996 se incorporó la carrera de Informática a nivel de Técnico Superior.