Ministerstvo zemědělství je podle zákona č. 2/1969 Sb., o zřízení ministerstev a jiných ústředních orgánů státní správy ČR, ústředním orgánem státní správy pro zemědělství, vodní hospodářství, potravinářský průmysl a pro správu lesů, myslivosti a rybářství, mimo území národních parků. V každé oblasti jsou určité výjimky, které do kompetence ministerstva zemědělství nepatří jako například: ochrana zemědělského půdního fondu, ochrany přirozené akumulace vod, ochrana vodních zdrojů a ochrana jakosti vod.