Azərbaycan Respublikasının Qida Təhlükəsizliyi Agentliyi Azərbaycan Respublikası Prezidentinin “Azərbaycan Respublikasında qida təhlükəsizliyi sisteminin təkmilləşdirilməsi ilə bağlı əlavə tədbirlər haqqında” 13 noyabr 2017-ci il tarixli fərmanı əsasında yaradılmışdır. “Azərbaycan Respublikasının Qida Təhlükəsizliyi Agentliyinin fəaliyyətinin təmin edilməsi haqqında” Azərbaycan Republikası Prezidentinin 13 noyabr 2017-ci il tarixli fərmanı ilə təsdiq edilmiş Əsasnaməyə uyğun olaraq, Azərbaycan Respublikasının Qida Təhlükəsizliyi Agentliyi qida məhsullarının təhlükəsizliyinə, baytarlıq və fitosanitar nəzarətinə dair normativ tənzimləməni, qida təhlükəsizliyi sahəsində fəaliyyət göstərən subyektlərin qeydiyyatını, qida təhlükəsizliyi, fitosanitar və baytarlıq sertifikatlarının verilməsini, qida məhsullarının ilkin istehsalı, tədarükü, istehsalı, emalı, qablaşdırılması, saxlanması, daşınması, dövriyyəsi (o cümlədən idxal-ixrac əməliyyatları) daxil olmaqla qida zəncirinin bütün mərhələlərində qida məhsullarının təhlükəsizliyinə, həmçinin qida məhsullarının, dövlət baytarlıq və fitosanitar nəzarətində olan yüklərin istehlakçılarının hüquqlarının müdafiəsinə dövlət nəzarətini, habelə qeyd olunan sahələrdə (bundan sonra – müvafiq sahədə) dövlət siyasətini və tənzimləməsini həyata keçirən mərkəzi icra hakimiyyəti orqanıdır.