O HMSJ é um hospital geral de baixa, média e alta complexidade, oferecendo, atendimento de Clínica Cirúrgica, Clínica Médica, Ginecologia, Obstetrícia e Pediatria, em atenção básica. Possui Unidade de Terapia Intensiva Adulto (UTI), Unidade de Terapia Intensiva Neonatal (UTIN), Unidade de Alta Dependência de Cuidados (UADC). O Hospital vêm expandindo seus serviços em alta complexidade como: Cirurgias Vasculares, Cirurgias Cardíacas, Hemodinâmica, Unidade de Assistência de Alta Complexidade em Oncologia - UNACON - e possui mais de 20 consultórios em ambulatório nas diversas áreas da saúde.
Para dar suporte a essas áreas mantêm Laboratório de Analises Clinicas 24 horas, Radio agnóstico 24 horas, Banco de Leite Humano, Agência Transfusional, Ultra-sonografia, Endoscopia, Eletrocardiograma, Tomografia e contratos de serviço terceirizados de Serviço de Imagem (ressonância), Remoção e Hemodiálise. Ainda esta ampliando o setor de imagem, com amplo espaço, para dar uma assistência humanizada aos usuários do SUS.
O HMSJ tem uma área de abrangência de 52.768,40 m2, atendendo 32 municípios do Estado do Espírito Santo como: Água Doce do Norte, Aguia Branca, Alto Rio Novo, Aracruz, Baixo Guandú, Barra de São Francisco, Boa Esperança, Colatina, Conceição da Barra, Ecoporanga, Governador Lindenberg, Ibiraçu, Jaguaré, João Neiva, Linhares, Mantenópolis, Marilândia, Montanha, Mucurici, Nova Venécia, Pancas, Pedro Canário, Pinheiros Ponto Belo, Rio Bananal, São Domingos do Norte, São Gabriel da Palha, São Mateus, São Roque do Canaã, Sooretama, Vila Pavão, Vila Valério.