ARPAT effettua il monitoraggio dello stato dell'ambiente in Toscana e garantisce il controllo del rispetto della normativa ambientale. Svolge accertamenti sulle fonti di inquinamento e gli impatti che ne derivano, occupandosi dell'individuazione e della prevenzione di fattori di rischio per la salute dell'ambiente e dell'uomo. Fornisce assistenza tecnica agli Enti pubblici nell'esercizio delle funzioni amministrative in materia di tutela ambientale: pareri, proposte di carattere tecnico-scientifico, supporto alle attività istruttorie. Mette a disposizione delle istituzioni, delle associazioni e dei cittadini i risultati del proprio operato, attraverso attività di informazione, comunicazione e diffusione della conoscenza ambientale. L'Agenzia opera con un Sistema di gestione per la qualità riferito ai requisiti UNI EN ISO 9001 e UNI EN ISO 17025, che integra con gli aspetti di sicurezza ed eco-efficienza.