L'Institut océanographique s'attache à mieux faire connaître la richesse et la fragilité des océans et à promouvoir une gestion durable et une protection raisonnée et efficace de ces derniers. Pour ce faire, il assure la médiation entre les acteurs scientifiques et socio-économiques d'une part, et le grand public et les grands décideurs politiques d'autre part. Il décline cette mission suivant le souhait de son fondateur le Prince Albert Ier de Monaco: « Faire connaître, aimer et protéger les océans ».