A Funceme atua em quatro grandes áreas-fins: Meteorologia, Monitoramento, Recursos Ambientais e Recursos Hídricos, apoiadas pelo Departamento de Tecnologia da Informação, produzindo subsídios que auxiliam na formulação do planejamento governamental, na definição de políticas e diretrizes de distribuição e gestão de recursos hídricos, na definição de políticas de desenvolvimento rural e agrário, na implementação de ações de combate à degradação ambiental e na organização de atividades da defesa civil, questões estas consideradas essenciais para o estudo do perfil físico-climático do Estado do Ceará e da região Nordeste do Brasil.