La Universidad Bolivariana suscribe una amplia gama de principios, susceptibles de ser ordenados según niveles de actuación institucional. En el nivel del ideario suscribe los tres principios humanistas universales: Justicia, Igualdad y Fraternidad. En el nivel epistemológico suscribe los principios de: holismo, complejidad y reflexividad. En el nivel organizacional suscribe los principios de: autonomía, autorreferencialidad, autocorrección y autosustentabilidad. En el nivel estructural suscribe los principios de: diferenciación e integración. En el nivel operatorio suscribe los principios de: localidad, pertinencia, oportunidad, sinergia, transdisciplinariedad, innovación y rigurosidad. En el nivel interaccional, suscribe los principios de: cooperación, ecuanimidad, solidaridad, apertura, pluralismo, ecumenismo, democracia, integración y diálogo.