O HFAR tem por missão prestar cuidados de saúde diferenciados aos militares das Forças Armadas, bem como à família militar e aos deficientes das Forças Armadas, podendo, na sequência de acordos que venha a celebrar, prestar cuidados de saúde a outros utentes. O Hospital das Forças Armadas iniciou o seu caminho como uma unidade inovadora diferenciada, com todas as valências médicas estruturadas, uma dimensão humanizada, funcional e acolhedora para doentes e colaboradores. Esta moderna unidade hospitalar tem um papel fundamental na formação de quadros técnicos especializados, e na definição de modelos de melhores práticas.