Nombre de origen náhuatl que según don Miguel de Olaguíbel deriva de las raíces etimológicas Atl, "agua", Tizatl, tiza o "arcilla blanca", y Pan, "sobre", por lo que se traduce como "Lugar sobre agua blanca o de tiza".
Zaragoza es en honor del general Ignacio Zaragoza y Seguín, comandante en jefe del Ejército de Oriente que derrotó a las tropas invasoras francesas en la ciudad de Puebla el 5 de mayo de 1862.