Os objetivos estratégicos do TCE/MS, definidos pelo Projeto de Modernização da Gestão são os seguintes: 1) cumprir os prazos legais e regimentais na apreciação e julgamento dos processos; 2) tornar eficaz a fiscalização da gestão das verbas públicas; 3) uniformizar os entendimentos e procedimentos que envolvem a instrução processual; 4) criar condições para possibilitar maior acessibilidade às deliberações do TCE/MS; 5) reformular a estrutura organizacional do TCE/MS; 6) elaborar e implementar o sistema de gestão de pessoas; 7) implementar políticas e programas de capacitação de pessoas; 8) incrementar ações de caráter preventivo e orientador junto aos jurisdicionados; 9) modernizar a infraestrutura de Tecnologia de Informática (TI).