Ante la necesidad de la preparación de hombres y mujeres, que buscaban a fines de los 80 y principios de los 90 una formación especial en su servicio a Dios dentro de su iglesia local, se iniciaría el Instituto Bíblico Emmanuel (IBEM), presidido por el Pastor Ing. Humberto Lay; este instituto posteriormente la presidiría el misionero suizo Pastor Marcelo Dürst. Con el devenir del tiempo, en el año 2005 el instituto fue desarrollándose y ampliando su labor, llegando a firmar un convenio con la Universidad Evangélica de Las Américas (UNELA - Costa Rica) convirtiéndose de esta manera nuestra institución en la Facultad Evangélica de Lima (FATEL), con el tiempo dicho convenio ayudó a varios estudiantes a formalizar su servicio y trabajo en el ámbito de enseñanza teológica o en la dirección de diferentes servicios en organizaciones para-eclesiales; luego por circunstancias particulares de la universidad costarricense el convenio dejó de estar vigente, por ello en el 2009 en la búsqueda de mejorar para los alumnos, asumimos un nuevo reto y contamos con el respaldo del Seminario a Todas las Naciones de México. Hoy en día, en vista de las exigencias modernas de una mejor preparación, buscamos cumplir con los estándares nacionales de calidad educativa de nuestro país, dónde con el apoyo de nuevos convenios firmados, asumimos nuestra responsabilidad con la misma visión de seguir formando hombres y mujeres para el presente siglo como Seminario Emmanuel.