تشكلت هيئة كفاءة الإنفاق والمشروعات الحكومية بموجب قرار مجلس الوزراء الصادر في 23 فبراير 2021 الموافق 11 رجب 1442هـ بموجب القرار رقم (389)، القاضي بضم البرنامج الوطني لدعم إدارة المشروعات والتشغيل والصيانة في الجهات العامة (مشروعات) إلى مركز تحقيق كفاءة الإنفاق، وتحويل المركز إلى هيئة كفاءة الإنفاق والمشروعات الحكومية.