Nederland en Vlaanderen (Vlaamse Gemeenschap en Vlaams Gewest) hebben in 2005 een verdrag gesloten over samenwerking op het gebied van beleid en beheer van het Schelde-estuarium. Naar aanleiding van dit verdrag, dat op 1 oktober 2008 inwerking is getreden, is de Vlaams-Nederlandse Scheldecommissie opgericht. De VNSC richt zich op de ontwikkeling van het Schelde-estuarium als ‘een multifunctioneel estuarien watersysteem dat op duurzame wijze wordt gebruikt voor menselijke behoeften.’ De gemeenschappelijke doelstellingen zijn: bescherming tegen overstromingen, optimale maritieme toegankelijkheid tot de Scheldehavens, instandhouding van een gezond en dynamisch ecosysteem én het opzetten van gemeenschappelijk wetenschappelijk onderzoek. Tot het werkingsgebied van de VNSC behoren bovendien het Kanaal Gent-Terneuzen en het Schelde-Rijnkanaal.