הנהלת בתי המשפט היא רשות ציבורית, המופקדת על הניהול והארגון המנהליים של עבודת בתי המשפט בישראל. תחום פעולתה מתייחס לבית המשפט העליון, בתי המשפט המחוזיים, בתי משפט השלום ובתי הדין לעבודה.
הנהלת בתי המשפט מהווה גוף עצמאי בחלקו, באופן הנותן ביטוי לעיקרון של עצמאות הרשות השופטת ואי תלותה ברשות המבצעת. היא איננה כפופה למשרד המשפטים. עם זאת, על פי החוק קובע שר המשפטים את סדרי המנהל של בתי המשפט, ומנהל בתי המשפט אחראי בפניו על ביצועם של סדרים אלו.