A comienzos del año 1985, un grupo de personas con experiencia, tanto académica como profesional en cada una de sus especialidades, inició un estudio de las posibilidades de impartir Educación Superior en la modalidad de Formación Técnica Profesional, en el área de las Ciencias Económicas, Administrativas, Contables y afines y, así, contribuir con el desarrollo integral de profesionales.
En Septiembre de 1988, el ICFES efectuó la visita correspondiente para otorgar la licencia de funcionamiento para los Programas de Mercado y Finanzas, Comercio Exterior y Gestión de Recursos Inmobiliarios, licencia de funcionamiento que fue concedida el 2 de Febrero de 1989, con el No.029.
Para el año 2000, registra y oferta los Programas Técnico Profesional en Sistemas y Telecomunicaciones y Técnico Profesional en Administración de Entidades de Salud, respondiendo así a la demanda laboral que el desarrollo económico que Colombia exigía en ese momento.
En el año 2001, el Ministerio de Educación Nacional ratifica su reforma estatutaria, mediante Resolución No.227 del 15 de febrero y reconoce el cambio de nombre de la institución por el de FUNDACIÓN PARA LA EDUCACION SUPERIOR SAN MATEO, FUNDACION SAN MATEO; lo mismo que una reordenación académica y administrativa que le permita el desarrollo de una gestión más dinámica, eficaz y eficiente.
Igualmente, y como forma de expresión del sentir de la comunidad académica, SAN MATEO inicia su tránsito a nuevas expresiones de evolución, organizando su normatividad hacia la formación por ciclos propedéuticos, reglamentada por la LEY 749 de 2002, habiendo obtenido la aprobación de dicha Redefinición el 24 de Junio de 2010, dando paso a nuevos cambios en su estructura y normatividad.
Vigilada por Ministerio de Educación Nacional