El INMEGEN tiene como objetivo impulsar la medicina genómica desarrollando nuevos productos y servicios que podrán ser aplicados en beneficio de la población mexicana mediante una práctica médica más individualizada, predictiva, preventiva y participativa. Fomentando el desarrollo de la investigación científica, la formación de recursos humanos y la vinculación académica con otras instituciones similares al INMEGEN a nivel nacional e internacional, a fin de contribuir al mejoramiento en el cuidado de la salud de los mexicanos. El INMEGEN es un organismo público descentralizado y es parte de los Institutos Nacionales coordinados por la Comisión Coordinadora de Institutos Nacionales de Salud de la Secretaría de Salud.