Dada la necesidad de contar con un centro para el manejo integral de la salud animal y la asesoría en la administración y producción agropecuaria el CES, y su Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia, iniciaron en el año 2003 la construcción del Centro. El centro de Veterinaria y Zootecnia de la Universidad CES es la materialización de un sueño de un grupo de profesionales de diferentes disciplinas: médicos veterinarios y zootecnistas, odontólogos, médicos, ingenieros y otros profesionales. Sus instalaciones están ubicadas en la Loma del Escobero del Municipio de Envigado con un diseño arquitectónico, planta física y los recursos técnicos concebidos para la prestación de servicios en diferentes áreas con altos estándares de calidad. El Centro de Veterinaria y Zootecnia del CES está concebido como una unidad de apoyo a las actividades docentes y asistenciales integrales del sector agropecuario. Este centro es una manifestación de su compromiso con el hábitat y con una mejor calidad de vida para los animales. Para ello, su trabajo se enfoca cada vez más en lo científico y académico, buscando las soluciones más adecuadas a los problemas que los aquejan. Durante este tiempo el Centro de Veterinaria y Zootecnia de la Universidad CES se ha posicionado como lugar de referencia tanto a nivel nacional como internacional. Igualmente se ha destacado en el cuidado de grandes pequeñas especies y fauna silvestre.