L'IRPET, nato nel 1968 come organo tecnico-scientifico del CRPET (Comitato regionale per la programmazione economica della Toscana) con la finalità di compiere gli studi preliminari all'istituzione dell'ente Regione, è diventato Ente pubblico con legge della Regione Toscana nel 1974. L'ordinamento dell'Istituto è attualmente stabilito con Legge Regionale n. 59 del 29.07.1996 e sue successive modifiche ed integrazioni.