Şehir Hatları İdaresi 19. yüzyılın ortalarından bugüne yaklaşık 172 yıllık bir deneyimi temsil eder. Bu deneyimin 1940’ların ortalarına kadar üç ayrı işletmeden beslendiği söylenebilir. Bunu 19. yüzyılın ortalarından 1940’ların ortasına gelinceye kadar Boğaz, Marmara ve Haliç hatlarında birbirinden bağımsız işletmeler tarafından vapurlarla yolcu taşımacılığının yapılmış olmasından hareketle ileri sürmek mümkündür.
2005 Yılında TDİ bünyesindeki Şehir Hatları İşletmesi, Özelleştirme Yüksek Kurulu'nun kararıyla İstanbul Büyükşehir Belediyesi' ne devri, Şehir Hatları'nda yeni bir dönemin başlangıcı oldu. Tasarımını İstanbulluların halk oylaması ile seçtiği 5 yeni yolcu vapuru, yeni nesil modern araba vapurları ve panaromik görüş açısına sahip 3 yeni Haliç vapuru inşa edildi ve hizmete alındı. Aynı dönemde, eski nesil yolcu vapurları ile tarihi önem ve değere sahip vapur iskelelerinin restorasyonu gerçekleştirildi ve bazı iskeleler yeniden inşa edildi.
İstanbul Şehir Hatları Turizm San. Tic. A.Ş.; İstanbul’ un deniz ulaşımına ve trafik sorununun çözümüne katkıda bulunmak amacıyla İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanlığı tarafından 2010 yılında kuruldu. Şehir Hatları A.Ş, İstanbul Boğazı, Adalar ve Haliç’ te toplu taşıma hizmeti yanı sıra taşımacılık ile ilgili tamamlayıcı hizmetler de veriyor.
Şehir Hatları, İstanbul’ da toplu deniz taşımacılığı hizmeti sunarak ulaşımda alternatif oluşturan, kültürel mirasımızın simgelerinden vapur, tersane ve iskelelere sahip çıkan modern, marka değeri güçlü, kurumsal itibarı yüksek, kent içi deniz ulaşımında tercih edilen lider bir kuruluştur.