STIE YKPN Yogyakarta menyelenggarakan program pendidikan strata satu (S-1) ilmu ekonomi Jurusan Akuntansi dan Jurusan Manajemen, serta Program Pascasarjana, yaitu: Program Magister Akuntansi (MAKSI), Magister Manajemen (MM), dan Pendidikan Program Profesi Akuntan (PPAk).