Công ty Cổ phần Nam Dược được thành lập vào ngày 01/01/2004, được Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội chính thức cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh ngày 04 tháng 03 năm 2004, có vốn điều lệ 3.500.000.000 đồng (Ba tỷ năm trăm triệu đồng ), với 23 cổ đông sáng lập.
Năm 2010, Nam Dược vinh dự được Thủ tướng Chính phủ trao tặng Giải Bạc Chất lượng Quốc gia. Tiếp đó, năm 2011, Nam Dược tiếp tục được Thủ tướng Chính phủ trao tặng Giải Vàng Chất lượng Quốc gia và trở thành doanh nghiệp dược phẩm đầu tiên và duy nhất đạt được giải thưởng này. Các sản phẩm của Nam Dược cũng nhiều lần nhận được Huy chương Vàng chất lượng do Bộ công thương, Bộ khoa học công nghệ và nhiều bộ ngành khác trao tặng.
Sau 10 năm thành lập, từ một đơn vị nhỏ với tổng số vốn ban đầu hơn 3,5 tỷ đồng, đến nay Nam Dược đã phát triển thành một Công ty lớn, có thương hiệu và uy tín trên thị trường trong nước và quốc tế, đặc biệt tiên phong trong xây dựng nhà máy đạt tích hợp tiêu chuẩn Quốc tế IMS, tiên phong phát triển thuốc Nam và xây dựng các vùng trồng dược liệu sạch, chuẩn hóa. Hiện tại, mỗi năm Nam Dược nộp ngân sách Nhà nước gần 20 tỷ đồng, tạo việc làm cho hơn 700 lao động...
Năm 2014, Nam Dược đã tổ chức Lễ kỷ niệm 10 năm thành lập Công ty và vinh dự đón nhận Huân chương Lao động Hạng Ba do Chủ tịch nước trao tặng.
Toàn bộ các tiêu chuẩn mà nhà máy của Nam Dược đã được công nhận như: GMP - WHO, ISO 9001:2000, ISO 14000:2004, HACCP và SA 8000 hợp thành bộ tích hợp tiêu chuẩn IMS tiên tiến của thế giới. Tính tới thời điểm hiện nay, chưa có doanh nghiệp dược nào ở Việt Nam (kể cả khối doanh nghiệp trong nước và khối có vốn đầu tư nước ngoài) đạt được hệ tích hợp tiêu chuẩn tiên tiến của thế giới. Điều này khẳng định tầm nhìn và sứ mệnh của Nam Dược là được đưa những sản phẩm có đẳng cấp thế giới và chất lượng vượt trội đến tay người dân Việt Nam, góp phần nâng cao tầm sức khỏe toàn dân tộc.