La Junta de Pensiones y Jubilaciones del Magisterio Nacional es un ente público no estatal, con personería jurídica y patrimonio propio. Como tal, está sujeta a las normas de la ley que la rigen, así como al ordenamiento jurídico administrativos público y particularmente a la fiscalización de la Superintendencia de Pensiones
Los trabajadores que se benefician de los servicios que la Junta ofrece, son todos aquellos docentes y administrativos de los centros de enseñanza pública y privada de educación preescolar, primaria y secundaria, además los trabajadores de centros estatales universitarios, colegios universitarios y del Instituto Nacional de Aprendizaje (INA), así como todos los pensionados y jubilados del Magisterio.
Le corresponde a la Junta de Pensiones tramitar y otorgar los derechos de pensión y jubilación del Régimen Transitorio de Reparto (RTR) bajo la supervisión y control de la Dirección Nacional de Pensiones del Ministerio de Trabajo. La administración financiera y pago de las pensiones del RTR corre a cargo del Estado.
A diferencia de lo anterior, a la Junta le compete la administración financiera, actuarial y legal del Régimen de Capitalización Colectiva (RCC) creado al amparo de la Ley 7302 y al que pertenecen todos aquellos trabajadores que empezaron a laborar por primera vez en educación a partir del 15 de julio de 1992.