Lo IUSS di Pavia è il punto di arrivo di un processo di istruzione superiore di lunga durata iniziato nell’825 d.C., quando Lotario I, imperatore dei Romani e dei Re d'Italia, nominò Pavia, antica capitale del regno longobardo, come un luogo dedicato all'istruzione superiore. E’ del 1361 - con Carlo IV, imperatore del Sacro Romano - la fondazione dello Studium Generale, poi denominato "Università degli Studi di Pavia" che più tardi è diventata l'unica Università del Ducato di Milano.
Moltissimi sono i professori di fama che hanno insegnato presso l'Università di Pavia: solo in ambito scientifico possiamo citare Girolamo Cardano (1501-1576), inventore del "giunto cardanico", un dispositivo meccanico fondamentale per la trasmissione; Alessandro Volta (1745-1827), inventore della batteria; Antonio Scarpa (1752-1832), che diede il nome a molte parti anatomiche, come "il triangolo di Scarpa", e il premio Nobel Camillo Golgi (1843-1926), che ha inventato la cosiddetta "reazione nera", che, per la prima volta, visualizza la struttura ramificata delle cellule nervose scoprendo anche molte microstrutture tra cui il famoso "complesso di Golgi".
Dal 1997, lo IUSS di Pavia soddisfa un modello di insegnamento e di ricerca avanzata attuato con successo da altre due prestigiose istituzioni in Italia, la Scuola Normale Superiore e la Scuola Sant'Anna di Pisa. La missione principale dello IUSS è quella di contribuire alla crescita di un piccolo numero di studenti, selezionati tra cinque collegi universitari, offrendo loro, in ogni fase della loro istruzione superiore, programmi qualificati a livello internazionale. Un’impostazione che permette di migliorare le loro capacità e conoscenze in modo interdisciplinare a seconda delle differenti scelte attraverso aree specifiche e con la garanzia di eccezionale requisiti del corpo docenti. Lo IUSS è anche impegnato nel progresso scientifico, nella promozione di dottorati e nello sviluppo attività di ricerca a livello internazionale.