Créée en 1970 par Vincent Fuster, l'ESB atteint en 2 ans le niveau national et compte déjà plus de 150 licenciés. Le club est alors mixte, avec une section masculine et une féminine. En 1992, la séparation des sections masculine et féminine de l'ESB donne naissance à L'Entente Sportive Bisontine Féminine Handball, club qui est aujourd'hui une référence dans le paysage du handball féminin français.
Club phare dans les années 2000, avec notamment un quadruplé historique en 2003 (championnat, coupe de France, coupe de la Ligue, coupe des vainqueurs de Coupes), l'ESBF était pourvoyeur de talent et alimentait l'Équipe de France avec des joueuses de talents parmi lesquelles Raphaëlle Tervel et Sandrine Delerce, aujourd'hui entraîneur et entraîneur-adjointe de l'équipe première.
Après une période plus délicate et notamment une relégation en D2 à l'issue de la saison 2013-2014, le club bisontin est à nouveau en LFH.
L'ESBF peut se targuer d'avoir participé à ses premiers play-offs lors de la saison 2015-2016, année où pourtant l'équipe venait d'être promue en LFH. S'appuyant sur un projet sportif solide, un savoir faire reconnu en matière de formation et une culture de la gagne, l'ESBF entend représenter fièrement sa ville mais aussi à sa région, riche en talents.
4° de la saison 2016/2017, l’ESBF se qualifie pour la coupe d'Europe.