La Reforma Universitaria de 1918 influyó decisivamente en la adopción de formas de gobierno democráticas, participativas, colegiadas y pluralistas en las instituciones superiores y la UNL –que es "hija" de este movimiento reformista- hizo suyas las nuevas formas organizativas derivadas de él.
La capacidad de gobernarse a sí misma y de elegir sus propias autoridades -a través de cuerpos colegiados integrados por docentes, estudiantes, graduados y no docentes- con autonomía de los poderes de turno es, desde entonces, un sello distintivo de la UNL y de las universidades del sistema público, donde las máximas autoridades (como el Rector y el Vice-Rector) son electas en una Asamblea Universitaria interclaustro con representación de todas las Facultades.
El Consejo Superior y los Directivos -que son los organismos deliberativos, resolutivos y normativos de la Universidad y las Facultades, respectivamente- tienen una conformación similar, ya que en dichos ámbitos participan todos los claustros.
Además la UNL también cuenta con un Tribunal Universitario y un Consejo Social.