El Consell Comarcal del Baix Empordà es va constituir el 9 de març de 1988 d’acord amb la llei d’Organització Comarcal de Catalunya 6/1987, de 4 d’abril. Va néixer amb el propòsit de convertir-se en una eina de servei als municipis que permetés la vertebració i el desenvolupament de la comarca.