El CIN tiene por funciones:
a. Elaborar propuestas de políticas y estrategias de desarrollo universitario, incluida la coordinación las políticas comunes a las instituciones universitarias que lo integran.
b. Definir y coordinar planes y actividades en materia académica, de investigación científica, de extensión y de gestión entre las instituciones que lo integran, sin perjuicio de aquellas que las instituciones universitarias acuerden realizar por sí.
c. Coordinar las políticas de sus miembros con los distintos niveles y jurisdicciones de la educación y con los organismos de la cultura y de la investigación científica y técnica.
d. Conformar, en los casos en que así lo estimare conveniente, organismos regionales de coordinación interuniversitaria.
e. Emitir opinión fundada respecto de todo proyecto de creación y cierre de instituciones universitarias nacionales.
f. Generar y apoyar políticas de autoevaluación y evaluación externa de sus miembros.
g. Coordinar, compatibilizar y establecer propuestas sobre la validez de los estudios totales y parciales, y de sus títulos.
h. Proponer y promover una política de becas, para docentes y alumnos, tendiente a asegurar la igualdad de oportunidades.
i).Promover programas de investigación común, ya sean de carácter nacional o regional.