O CEMA foi fundado em 15 de novembro de 1975 por Ângelo Aquino, que foi gerente de Manutenção da Companhia de Cigarros Souza Cruz, sua esposa, a técnica de contabilidade Francisca Barreta Aquino, e por seus filhos, os médicos Guido Aquino (CRM 19394 / RQE 8056), Antonio Aquino Neto (CRM 19393 / RQE 8057) e Roberto Aquino (CRM 25217 / RQE 9271). A então clínica médica, impecável para os padrões da época, foi construída em parte da área onde posteriormente foi instalado o Hospital em terreno pertencente à família. Em 02 de janeiro de 2019, o Hospital CEMA mudou para suas novas instalações na Rua Padre Adelino, 333, ao lado da estação Belém do metrô.
Guido, graduado pela 1ª turma da Faculdade de Medicina de Santos, e o caçula Roberto, formado na Faculdade de Medicina de Mogi das Cruzes, são oftalmologistas. Antonio, também da 1ª turma da Medicina de Santos, é otorrinolaringologista. Em razão das especialidades dos irmãos Aquino, o Hospital adquiriu a vocação para o atendimento médico em olhos, ouvidos, nariz e garganta. Sem recorrerem a especialistas em Marketing, intuitivamente focaram o negócio em oftalmologia e em otorrinolaringologia, tendo como vantagens competitivas o respeito ao cliente e o investimento continuado na qualificação do corpo clínico.
Quando de sua fundação, a clínica chamava-se Centro Médico Aquino, iniciais que formam a sigla CEMA. No final da década de 80, os fundadores incluíram ao nome CEMA o complemento "Centro de Medicina Avançada." Mas o que se institucionalizou efetivamente no mercado, sobretudo na região leste da cidade, foi simplesmente a marca CEMA, transformando-se em referência no tratamento de olhos, ouvidos, nariz e garganta. Por isso, quando na década de 90 a unidade se expandiu para um moderno hospital especializado, a denominação adotada foi Hospital CEMA hoje conhecido nacionalmente pela excelência de sua prestação de serviços.