Centro de Investigação em Saúde de Manhiça (CISM) foi criado em 1996 com o objectivo de impulsionar e conduzir investigação biomédica em áreas prioritárias de saúde. Desde a sua criação, o Centro desenvolveu-se seguindo a orientação de um Programa de Cooperação Bilateral entre os Governos de Moçambique e de Espanha, e, com o apoio do Hospital Clínic da Universitat de Barcelona (por via da Fundação Clínic per la Recerca Biomédica).
Este modelo permitiu o crescimento e desenvolvimento do CISM durante 12 anos. Nos últimos anos identificou-se a necessidade de dotar o CISM de uma estrutura legal moçambicana, que permitisse a sua sustentabilidade e autonomia a longo prazo, mantendo ao mesmo tempo, o envolvimento e compromisso dos parceiros que o formam. Como resposta a esta necessidade, foi criada em Fevereiro de 2008 a Fundação Manhiça (FM).