PT Bank Kesejahteraan Ekonomi berkedudukan di Jakarta. Akta pendiriannya telah diumumkan dalam lembaran Berita Negara Republik Indonesia tanggal 25 Februari 2000 Nomor 16 tambahan Nomor 1019/2000. Anggaran Dasar tersebut telah beberapa kali mengalami perubahan, dimana perubahan terakhir telah disesuaikan dengan Undang-Undang Nomor 40 tahun 2007 tentang Perseroan Terbatas, sebagaimana dinyatakan dalam Akta tertanggal 31 Juli 2008 Nomor 33 yang dibuat Ny. Judy Sentana, SH, M, Notaris di Jakarta dan juga telah mendapat persetujuan dari Menteri Hukum & HAM Republik Indonesia sebagaimana ditetapkan dalam Surat Keputusan tertanggal 22 Desember 2008 Nomor AHU-98554.AH.01.02; sehubungan dengan akta-akta tertanggal 15 April 2009 Nomor 11, tertanggal 17 Juni 2009 Nomor 12, tertanggal 18 Juni 2009 Nomor 13, tertanggal 03 November 2009 Nomor 3 dan tertanggal 07 April 2010 Nomor 7, dan tertanggal 12 April 2011 Nomor 10, yang semuanya dibuat oleh Ny. Judy Sentana, SH, MH, Notaris di Jakarta.
Pendiri PT Bank Kesejahteraan Ekonomi adalah Induk Koperasi Pegawai Republik Indonesia (IKP-RI) yang pada saat itu diketuai oleh Bapak Prof. DR. Sumitro Djojohadikusumo (alm) dan PT Dana Tabungan Dan Asuransi Pegawai Negeri (PT Taspen Persero).
Modal Perseroan di awal pendiriannya adalah sejumlah Rp10 miliar, dengan komposisi sebanyak 90% dari IKP-RI dan sebesar 10% dari PT Taspen 10%.
Seiring dengan semakin besar dan berkembangnya bisnis perusahaan, jumlah pemegang saham juga bertambah dengan keikutsertaan Dana Pensiun PT Jasindo, Dana Pensiun PT Jasa Raharja, Dana Pensiun Pertamina, PT Asuransi Ekspor Indonesia dan Koperasi Pegawai Bank BKE.
Pada bulan Juni 2005, posisi PT ASEI digantikan oleh PT Recapital Advisors. Pada 2014, PT Reliance Securities bergabung dengan Bank BKE sebagai Pemegang Saham dengan penambahan modal Bank BKE sebesar Rp60 miliar dalam rangka penguatan struktur permodalan dan pengembangan bisnis Bank BKE di masa mendatang.