L'académie de Mayotte est une jeune académie dotée d'un rectorat de plein exercice depuis le 1er janvier 2020.
Le rectorat assure également les missions d'une inspection académique et a en charge les constructions, l'entretien, l'équipement et le bon fonctionnement des établissements scolaires du second degré.
A la rentrée 2022, plus de 112 000 élèves sont accueillis au sein de 33 établissements du second degré et 188 écoles, par 8 500 agents, dont plus de 7 000 enseignants.
L'académie de Mayotte est placée sous l'autorité du recteur Jacques MIKULOVIC depuis le 2 janvier 2023.